Die zweite Episode des Überraschungshits spielt zwanzig Jahre vor Baten Kaitos. Viele Charaktere sind noch Jugendliche, manche noch gar nicht geboren. Hauptfigur ist Sagi, ein Soldat des Imperiums, der sich von diesem abwendet, um die seltsamen Ereignisse auf der Welt zu erforschen.

Baten Kaitos Origins verwendet zwar wieder eine Kartensammlung als Kern des Kampfsystem, vereinfacht das Spielprinzip aber ins Bodenlose, so das viele Fans enttäuscht waren. Trotzdem können die tolle Atmosphäre und die mitreissende Story überzeugen.